Normalde enfekte ettiği hücrelerde ektra kromzomal (epizom) olarak bulunan HPV DNA nın konak genomuna integre olmasıyla maliğin transformasyon gerçeleşir. İntegrasyon sırasında normalde viral onkogenleri inaktive eden E2 ORF nin yapısı bozulur ve viral onkoproteinler olan E6 ve E7 aktive olur. E6 nın tümör süpresör gen ürünü olan p53 ve E7 nin diğer bir insan tümör süpresör gen ürünü retinoblastoma(Rb)’yı inaktive ederek karsinogenezisin ilk adımını başlatır.
