HPV nin bir ilaçla kesin ve kalıcı tedavisi gün itibarıyle yok.Zaman içerisinde kişinin savunma mekanizmasıyla bu virüsler ortadan kaldırılabiliyor. Kimlerde ve ne kadar süre içerisinde, bunun gerçekleşeceğine dair henüz net bir bilgi yok. Vücuttan atılıp atılmadığını değerlendirecek pratik bir laboratuvar testi de yok. Vücudun doğal savunma sistemini kuvvetlendirici başarılı bir sonuç veren HPV için sadece üretilmiş ek bir sistemik tedavi ilacı da henüz bulunmuyor. Sadece dış genital bölgede savunma mekanizmasını artırıcı, lokal olarak kullanılan kremler Aldara krem gibi, bu bölgedeki tekrarlamaları azaltmada bazı kişilerde kısmen de olsa başarılıdır.
Eğer kişinin bağışıklık mekanizması, savunma sistemi, hpv virüsü zaman içerisinde yok edemezse ve vücuttan atamazsa, kişi sürekli olarak o virüs tipi açısından taşıyıcı olarak kalacak demek oluyor. Bu kişilerde rahim ağzında, vajinada, dış genital bölgede, erkelerde ise penis ve çevresinde hpv enfekte olduğu virüs tipi nedeniyle oluşmuş olan genital siğil ve dokudaki hücresel bozulma şeklindeki patolojiler de tekrarlamalar görülebiliyor. Yanı sıra, bu virüsü başkalarına bulaştırma ihtimali de devam etmektedir.