Kıırk (40)’tan fazla genotipi ise genital bölgede enfeksiyon yapar ve bunlara da genital HPV adı verilir.
Yakın temas (deriden deriye) ya da cinsel temas (vaginal, oral, anal) yoluyla bulaşabilen genital HPV penis veya anüs ve çevresindeki (anogenital bölgedeki) deri ve mukozalarda enfeksiyon oluşturur . Cinsel aktif insanların çoğu yaşamlarının bir döneminde bu genital HPV tiplerinden biri ya da bir kaçı ile karşılaşabilir. Bulaştırıcılık aktif genital lezyonların varlığında daha yüksektir. Genital HPV tipler aynı zamanda ağız ve boğazda da bulunabilir. Aslında HPV cinsel yolla bulaşan bir hastalık olarak kabul edilmesine rağmen kontamine eşyalardan, genel tuvalet, duş gibi hijyenik olmayan ortamlardan bulaşabildiği ve doğum sırasında anneden bebeğe geçebildiği de bildirilmektedir.