Görünür HPV lezyonların iyileşmesi, sağlam gözüken dokularda virüsün bulunmadığı anlamına gelmeyeceği için, tedavi ile genital HPV enfeksiyonunun yok edilmesinden ziyade lezyonların çıkarılması ya da kimyasal veya fiziksel olarak tahrip edilmesi amaçlanır.
Günümüzde bunların yanı sıra immünolojik, bağışıklık güçlendirici tedavi yöntemleri de mevcuttur. Ancak bir tedavi yönteminin diğerine üstünlüğü gösterilememiştir .
Cinsel Kondilomların bulunduğu bölgelerin özelliklerine göre tercih edilecek tedavi yöntemleri farklı olabilir